يهتم قسم الحشرات الاقتصادية بدراسة الآفات التى تصيب مختلف المزروعات من محاصيل حقلية، وبستانية، بالإضافة إلى حشرات المواد المخزونة ويشمل ذلك دراسة النواحى البيولوجية، والأيكولوجية، والفسيولوجية، وغير ذلك من المجالات التى تهدف كلها إلى الوصول إلى أنسب وأنجح الطرق فى مكافحة الحشرات الضارة، والحد من إنتشارها. وللقسم دور ريادى متميز فى الأبحاث الخاصة بحشرات الحبوب المخزونة ، وطرق مكافحتها خاصة لوجود صوامع عملاقة للحبوب في ميناء دمياط. وكذلك فى مجال المكافحة الحيوية سواء باستعمال الطفيليات، أو المفترسات، أو باستعمال الكائنات الدقيقة الممرضة للحشرات مثل الفيروس، والبكتريا، والفطر. كذلك يولى القسم اهتماما خاصاً باستخدام المكافحة الحيوية للقضاء علي ورد النيل وأيضا مكافحة سوسة النخيل والتي أصبحت وباء يهدد بالقضاء علي حوالي مليونين من أشجار النخيل في محافظة دمياط.